Introducción: El diagnóstico temprano de los Defectos Congénitos, permite brindar al individuo, la familia y la sociedad las herramientas necesarias para el conocimiento y prevención de los mismos. Objetivo: Caracterizar algunos aspectos epidemiológicos de los defectos congénitos en el municipio La Lisa en el período 2006 al 2012. Material y método: Mediante un estudio descriptivo y transversal de la población de gestantes y niños nacidos en el periodo 2006 -2012 atendidos en el Servicio Municipal de Genética Médica del municipio La Lisa en La Habana se cumplió el objetivo. Resultados: Se diagnosticaron 135 fetos con defectos congénitos por alfafeto proteína y/o ultrasonido, interrumpiéndose 117. La prevalencia de defectos congénitos al nacimiento de 16,15 x 1000 nacidos vivos. Los defectos cardiovasculares fueron los más detectados e interrumpidos. Existen todavía pacientes que desean continuar el embarazo, debido a un fuerte asentamiento de creencias religiosas opuestas al aborto terapéutico. Se observó un incremento de la prevalencia al nacimiento de los defectos congénitos de 7,34 x 1000 nacidos vivos en 2006 a 21,70 x 1000 en el 2012. La mortalidad infantil por defectos congénitos resultó ser de 1,03 x1000 nacidos vivos. Conclusiones: La prevalencia al nacimiento de defectos congénitos y la estimación de su prevalencia ajustada demuestra el impacto del diagnóstico prenatal en el servicio. Los defectos cardiovasculares fueron los más detectados, la tasa de mortalidad infantil por defectos congénitos está dentro del rango que reporta la literatura. Se diseña una estrategia preventiva complementar estos resultados.