Introducción: La homocisteína (Hcy) es un intermediario del metabolismo de los aminoácidos sulfidrilos y enlaza el ciclo de la metionina con el ciclo del folato. Los niveles de Hcy se incrementan en trastornos genéticos como la aciduria metilmalónica (AM) combinada con homocistinuria, la homocistinuria clásica y la homocistinuria con anemia megaloblástica. Además, otras enfermedades monogénicas, multifactoriales y condiciones fisiológicas se asocian con aumento de Hcy, marcador incluido entre los primeros pasos de los algoritmos recomendados para el diagnóstico diferencial y seguimiento de estos trastornos. Objetivos: Desarrollar un método analítico para la cuantificación de Hcy y aplicarlo en pacientes con diagnóstico de AM. Materiales y Métodos: Se desarrolló un método por cromatografía líquida de alta eficacia para cuantificar los niveles de Hcy en orina. El método se aplicó a tres muestras de pacientes con AM. Resultados: El método desarrollado permitió la identificación y cuantificación de la Hcy en tres casos con AM. En dos de las muestras analizadas, se confirmó una AM con niveles elevados de Hcy, indicando la presencia de una AM combinada con homocistinuria, y en otra se comprobó una AM aislada. El método se aplicó además en el seguimiento de los pacientes después de iniciado el tratamiento. Conclusiones: La introducción de la cuantificación de Hcy en los algoritmos de diagnóstico y seguimiento es fundamental en el caso de las enfermedades genéticas que cursan con incremento de Hcy.