Introducción: La desregulación del sistema serotoninérgico cerebral  ha estado implicada en trastornos tales como la depresión mayor, déficit de la atención e hiperactividad, esquizofrenia, agresión y conducta suicida. Objetivo: Describir el papel de la neurotransmisión a través de los diferentes marcadores genéticos y su relación con la susceptibilidad a la esquizofrenia. Método: Se estudiaron 400 pacientes con el diagnóstico clínico  de esquizofrenia a los cuales se clasificó según el DSM IV y la CIE- 10. Se estudiaron los polimorfismos triptófano hidroxilasa(TPH1) y transportador de la serotonina, además se les determinaron los niveles plasmáticos de triptófano y de 5 hidroxiindolacético en orina, los que se compararon con los valores determinados de referencia para adultos mayores de 12 años relacionándolas con las variables clínicas y demográficas. Resultados: Cuando existe una historia familiar de trastorno psiquiátrico el alelo corto del polimorfismo triptófano hidroxilasa esta mas relacionado con la enfermedad. Las variables clínicas Síndrome Negativo y Afecto esquizofreniforme están más relacionadas con los polimorfismos estudiados. La teoría serotoninérgica representa un tercio de los casos estudiados. Conclusiones: La recogida cuidadosa de la historia familiar resultaría muy útil, en combinación con la presencia del polimorfismo TPH1, para la identificación del riesgo para la esquizofrenia.  La esquizofrenia por estar caracterizada por un modo de herencia multifactorial, la interregulación por diferentes genes puede ser una importante característica. Incrementar el conocimiento sobre esta área puede potenciar el diagnostico de los síntomas prodrómicos,  en el desarrollo de drogas dianas, y en el progreso de las nuevas terapéuticas.