Introducción: El síndrome Down es considerado el síndrome genético más común asociado a defectos inmunes. No está claramente definido si este síndrome es una inmunodeficiencia primaria o secundaria. El objetivo de este trabajo fue describir las principales manifestaciones clínicas de sospecha de disregulación inmune y las alteraciones de los estudios de evaluación de la respuesta inmune en pacientes con síndrome Down. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo prospectivo. La muestra estuvo constituida por 10 pacientes pediátricos con diagnóstico de síndrome Down remitidos por el genetista clínico del hospital Juan Manuel Márquez, en el período del 2012 a mayo del 2014.  Se les realizó a los pacientes cuantificación de Inmunoglobulinas G, M y A, se evaluó la respuesta frente a antígenos vacúnales (Toxoide tetánico, toxoide diftérico y Haemophilus influenzae tipo B), y se evaluó la respuesta autoinmune (anticuerpos antinucleares, inmunocomplejos circulantes, factor reumatoideo y anti ADN de doble cadena).Resultados: Las manifestaciones más frecuentes de disregulación del sistema inmune fueron infecciones recurrentes y alergias respiratorias y las lesiones en piel. El 70 % de los pacientes tuvieron alteración de alguna de las inmunoglobulinas cuantificadas. Todos los pacientes evaluados presentaron títulos de anticuerpos protectores frente a los candidatos vacúnales evaluados, pero por debajo de la media para la edad. Conclusiones. Las principales manifestaciones clínicas de disregulación inmune fueron las infecciones respiratorias recurrentes y las alergias.  La hipogammaglobulinemia, en especial el déficit selectivo de inmunoglobulina M fue la alteración inmune más frecuente encontrada.