Introducción: Las enfermedades peroxisomales son enfermedades metabólicas hereditarias producidas por una alteración en una o varias funciones del peroxisoma. Dentro de estas enfermedades se encuentran el Síndrome de Zellweger, adrenoleucodistrofia neonatal, enfermedad de Refsum infantil, Condrodisplasia punctata rizomiélica tipo I y la adrenoleucodistrofia ligada al cromosoma X. El diagnostico de estos trastornos se hace mediante la cuantificación de los ácidos grasos de cadena muy larga (AGCML) C22:0, C24:0, C26:0 y el ácido fitánico que se acumulan en plasma, células en cultivo y en tejidos. La ausencia de peroxisomas en cultivo de fibroblastos confirmará un trastorno de la biogénesis peroxisomal. El diagnóstico se realiza mediante la utilización de la cromatografía gaseosa acoplada a la espectrometría de masas (CGMS). Objetivos: Describir la experiencia del Laboratorio de Espectrometría de masas del CNGM en el diagnóstico bioquímico de las enfermedades peroxisomales a partir de la introducción del método desarrollado analítico desarrollado en laboratorio. Material y Métodos: El método empleado separa y cuantifica los ácidos grasos C22:0, C24:0 y C26:0 y el acido fitanico en suero. A tráves del uso del monitoreo selectivo de iones se logra sensibilidad y selectividad en la detección de estos marcadores. Resultados: A partir de la introducción del método desde el año 2011 se han diagnosticado un total de 3 personas enfermas y se detectó una portadora de la adrenoleucodistrofia ligada al cromosoma X. Conclusiones: El método desarrollado permite el diagnóstico de las enfermedades peroxisomales que cursan con alteraciones en el perfil de ácidos grasos.