Introducción: Los defectos congénitos son un importante problema de  salud en el país. De etiología prenatal genética pueden asociarse a eventos  perinatales y postnatales e incidir sobre las muertes infantiles. Objetivo. Caracterizar la mortalidad por defectos congénitos en neonatos en provincia Matanzas en el período 2009-2013. Material y Método: El universo lo constituyeron 34 neonatos fallecidos por defectos congénitos en el primer ano de vida en el período. Se realizó un estudio descriptivo transversal con datos del Registro de Defectos Congénitos en cuanto a variables clínicas y epidemiológicas: tipo anatómico del defecto, factores del riesgo prenatal genético en su origen, factores perinatales y postnatales asociados a la evolución clínica,  e impacto sobre el indicador tasa de mortalidad infantil en el primer ano de vida (TMI). Resultados: Predominaron las cardiopatías congénitas (52%), seguidos de  defectos digestivos y del sistema nervioso. En lo prenatal el 47% fueron concepciones en edades maternas extremas, la exposición  a agentes biológicos  en el 14% y 3% de familiares con defectos congénitos. En lo perinatal la prematuridad y la sepsis se asociaron  al  38,2% y el 23% al bajo peso extremo, y entre lo postnatal la desnutrición y las complicaciones postoperatorias con 18 % y 20% respectivamente. La TMI por defectos congénitos   fue  de 0.9 por cada 1000 nacidos vivos, el 20,1% de la mortalidad infantil global del período. Conclusiones: La mortalidad por defectos congénitos se mantuvo dentro de los indicadores  esperados. Se requiere trabajar en la prevención de  factores de riesgo prenatales, perinatales y postnatales agravantes.