Introducción: El Centro Nacional de Genética Médica lleva a cabo un programa de atención y vigilancia clínico-epidemiológica de los defectos congénitos que tiene base hospitalaria y opera con todos los nacidos vivos y fallecidos que presenten uno o más defectos congénitos registrables, empleando la metodología de caso control, así como los abortos e interrupciones voluntarias de embarazo, ocurridos en gestaciones con diagnóstico prenatal de defecto congénito incompatibles con la vida, a traves del Registro Cubano de Malformaciones Congénitas y del Registro Cubano Prenatal de Malformaciones Congénitas. Estos  registros se encontraban archivados en formato impreso, por lo que la búsqueda de la información resultaba compleja, debido al volumen de estas, impidiendo realizar análisis estadísticos para diferentes fines. Objetivos: Desarrollar  un sistema informático que permita registrar los datos de los casos y los controles facilitando la búsqueda y  análisis estadísticos. Métodos: Se utilizó el sistema gestor de contenido Drupal para la realización del sistema web, php como lenguaje de programación y MySQL como gestor de base datos. Resultados: Se desarrolló un sistema que permite la entrada y búsqueda de información de los casos y controles en los registros. En el curso de la implementación se registraron los datos correspondientes a los años 2012,  2013 y 2014 hasta la fecha. Conclusiones: Se obtuvo un sistema que permitió la entrada de datos y la obtención de resultados de interés, logrando que el acceso y búsqueda de información se realice con rapidez