Introducción: Los defectos congénitos (DC) constituyen en Cuba la segunda causa de muerte en niños menores de 1 año de edad, con una prevalencia de 1,7 x 10 000, ocupando un lugar prioritario en los programas médicos sociales del país. Objetivo: Evaluar el impacto epidemiológico del diagnóstico prenatal de los DC, Holguín; 1999-2013. Material y Método: Se realizó un estudio analítico cuasi-experimental, con un análisis retrospectivo de evaluación del programa de diagnóstico prenatal de DC. Se calculó la tasa de mortalidad infantil (TMI) por año, tasa por DC, y una tasa ajustada sin DC. Resultados: En el 2011 se diagnosticaron mayor número de DC con 308. Los DC más frecuentes fueron; cardiovasculares, renales, y del sistema nervioso central. La (TMI) disminuyó al pasar los años, estando por debajo de la media del país; en los últimos 3 años fueron 4.0, 3.9 y 3.3, se comparó con la tasa ajustada y la misma fue elevada en estos mismos años; 10.12, 11.90, y 9.87 respectivamente. La TMI por DC también fue disminuyendo como 0.5, 1.0 y 0.3  El grupo de edad que predominó fue entre 20-24 años, dado porque es el grupo de mayor número de gestantes, a pesar de que en esta edad el riesgo de DC es bajo. La mayoría de los DC se diagnosticaron en el segundo trimestre de la gestación. Conclusiones: La estabilidad y perfeccionamiento del programa de diagnóstico prenatal de los DC, y el asesoramiento genético adecuado, han tenido un impacto epidemiológico favorable en la provincia.