Introducción La vigilancia epidemiológica de la prevalencia de defectos congénitos y los factores asociados son estudios de interés. Objetivo: Establecer vigilancia epidemiológica mediante control sistemático de la prevalencia ajustada de malformaciones congénitas y encontrar asociaciones de medicamentos empleados en la gestación temprana. Métodos: A partir del Registro Cubano de Malformaciones Congénitas, se llevó a cabo vigilancia epidemiológica (1988 a 2000) estableciendo la prevalencia ajustada al nacimiento de defectos congénitos recomendados. Posteriormente dichas frecuencias se emplearon para calcular  las frecuencias esperadas, en los años 2009 al 2013, en seis malformaciones y se compararon con las observadas, declarando alarma epidemiológica cuando superaron significativamente las esperadas. En dichas malformaciones se hicieron estudios de asociación al uso de medicamentos en el primer trimestre, con diseño caso control e indagación retrospectiva. La significación estadística establecida mediante la dócima de ji cuadrado, cálculo del OR e intervalo de confianza. Resultados: La vigilancia de la prevalencia ajustada al nacimiento indicó un incremento en los últimos años para la gastrosquisis, significativo en 2012 y 2013 en correspondencia con incrementos reportados en muchos países y en 2009 un incremento significativo para las cardiopatías. Se registraron algunas asociaciones significativas, entre el uso en la gestación temprana de medicamentos como los sedantes y las malformaciones estudiadas. Conclusiones: El modelo diseñado resulta útil para establecer alarma epidemiológica y el riesgo teratogénico para ciertos medicamentos contribuye a las evidencias que avalan la contribución de fármacos junto al genoma y la epigenética en la aparición de los mismos.